Die Abteilung Finanzen, Controlling und Rechnungswesen ist zuständig für die Bereitstellung von Planungsunterlagen für das Land Steiermark als wesentlichem Financier der FH JOANNEUM. Sie ist auch Verhandlungspartner der zuständigen Ministerien der Republik Österreich für die Finanzierung bestehender und weiterer Studiengänge. Zudem fällt die Erstellung der Antragskalkulationen für neu zu beantragende und bestehende Studiengänge in den Bereich der Abteilung.
Ein weiteres zentrales Aufgabengebiet der Abteilung ist das Controlling für den immer stärker wachsenden Bereich der Forschung und Entwicklung (F&E). Die finanzielle Prüfung von F&E-Projekten sowie die damit verbundene Beratung der einzelnen Studiengänge gehören zu den wesentlichen Dienstleistungen der Abteilung. Außerdem erstellt sie interne Planungsunterlagen in enger Zusammenarbeit mit den Studiengängen und Transferzentren der FH JOANNEUM.